PRITOŽBENA KOMISIJA odloča o pritožbah v zvezi z uresničevanjem pravic in dolžnosti učenca. Imenuje jo svet šole, sestavlja pa jo deset članov, od katerih mora biti več kot polovica strokovnih delavcev šole. O posameznem primeru odloča pet članov komisije, od tega dva zunanja člana.
10-člansko pritožbeno komisijo sestavlja šest strokovnih delavcev šole (Polona Kovač, Marinka Doblekar, Lea Lenček, Majda Jurkovič, Mateja Penca, Ana Burnik Kosi), dva predstavnika staršev (Jošt Jakša in Nina Pirnat), predstavnik ustanovitelja (dr. Milena Mileva Blažić) in strokovni zunanji član (Vera Krizmanić).
Pritožbena komisija je imenovana za štiri leta.