Pritožbena komisija odloča o pritožbah v zvezi z uresničevanjem pravic in dolžnosti učenca. Imenuje jo svet šole. Sestavlja jo deset članov, od katerih mora biti več kot polovica strokovnih delavcev šole. Kadar mora pritožbena komisija odločati o posameznem primeru, predsednik sveta šole izmed vseh članov komisije imenuje pet članov.

Pritožbeno komisijo sestavlja sedem strokovnih delavcev šole (mag. Mojca Horvat, Tadeja Bandelj, Nina Fürst, Franc Hozjan, Petra Igerc, Tanja Ristanović, Ksenija Turšič), dva predstavnika staršev (Maja Marinšek, Nina Vidmar, Jadranka Zupanc) in strokovni zunanji član (Vera Krizmanič). Pritožbena komisija je imenovana za štiri leta. Mandat imenovane komisije traja od 21. 10. 2020 do 20. 10. 2024, po koncu mandata bo imenovana nova komisija.